PCR實驗又稱基因擴增實驗，每一個實驗區域都必須相互獨立，不能直接連接。每一個獨立的實驗區域都有一扇特殊的門，可供工作人員更換工作服和工作鞋。那PCR實驗室應該怎么布局呢？
原則上，臨床基因擴增檢驗實驗室分為四個分隔工作區：
1、儲存和準備試劑的區域
2、標本制備區
3、擴增反應混合物配制及擴增區
4、擴大產品分析區域
如果使用全自動分析儀，該區域可以適當合并，每個工作區域必須有明確的標記，以避免設備和物品在不同工作區域的混合。進入每個工作區域必須嚴格按照單個方向進行，即試劑儲存和準備區域→標本制備區→擴增反應混合物配制及擴增區→擴大產品分析區域。
PCR實驗室可以是分散的，也可以是組合的。完成一組PCR實驗通常需要四個實驗過程:試劑配制、樣品處理、核酸擴增和產品分析。如果需要實驗過程，還應增加樣品粉碎過程。
核酸擴增室和產品分析室應為微負壓，以防止含有核酸的氣溶膠擴散污染試劑和樣品。負壓效果可以通過控制排氣風量大于進氣風量來實現。理想情況下，正壓可以設置在PCR實驗室的緩沖室內，使室內空氣不流向室外，室外空氣不流向室內。PCR實驗室的進氣由原中央空調控制，要求將中央空調出風口安裝到指定點，高度鋪設在地面后2600毫米。
如果房間深度允許，可以設置PCR內部專用走廊。需要指出的是，緩沖間在減少室內外空氣交換方面比專用走廊更有意義。
